重度の脳障害を抱えた少年が、文字盤にある文字を母親の補助で指すことによって他の人とコミュニケーションをはかるという内容であったが、子供が居眠りをしたりしている間も正確に文字盤を指しているなど、不自然な場面が多々見られるという指摘がなされ国会でも取り上げられた。NHKは釈明放送を行い、児童が自分で文字盤を指しているように見えたので児童の意思であると結論付けたが、放送終了直後関連書籍を発行した講談社とのタイアップ疑惑も指摘された。この疑問を巡っては『異議あり! 「奇跡の詩人」』という批判本も出版された。

NHKは激しい批判にさらされ、NHK受信料の不払いが続発した。この時、職務が変わらないにもかかわらず、年功的に昇給する「わたり」や昇給短縮が給与慣行として行われてきた現状が指摘されている。
2004年9月9日に、衆議院総務委員会では、海老沢勝二NHK会長の参考人招致を行ったが、普段は国会中継するNHK総合テレビジョンが、この日だけは「編集権の問題」として生中継せず、東京メトロポリタンテレビジョンとテレビ神奈川が京浜地区で生中継を行った。

9月16日放送の『NHK海外ネットワーク』において、インドの経済発展について特集した際、番組中で自動車を購入したとして紹介された農家の男性が、実際には購入していなかったことが発覚した。購入後に車で移動するシーンまで紹介されていたが、実際には販売店の指示で購入したように振舞っていただけだった。NHKは、2010年5月29日放送の同番組内で「確認が不十分だった」として、視聴者に謝罪した。

4月、NHKがニュース番組で、企業による風力発電のファンドが設立されたとの内容のニュースを放送するに当たり、札幌市在住の写真家が撮影した風車の写真を使用し放映したが、この写真使用に当たり、写真家が「写真を無断使用された」として、NHKや取材担当の記者を相手取り、札幌地方裁判所に訴訟を起こした。NHKは「事件報道では、出所表示の慣例や義務はない」と主張したが、2010年11月10日に同地裁は、「写真はファンド設立とは無関係」などとして著作権・著作者人格侵害を認定、NHKなどに対し約40万円の支払いを命じた。

4月、NHKがニュース番組で、企業による風力発電のファンドが設立されたとの内容のニュースを放送するに当たり、札幌市在住の写真家が撮影した風車の写真を使用し放映したが、この写真使用に当たり、写真家が「写真を無断使用された」として、NHKや取材担当の記者を相手取り、札幌地方裁判所に訴訟を起こした。NHKは「事件報道では、出所表示の慣例や義務はない」と主張したが、2010年11月10日に同地裁は、「写真はファンド設立とは無関係」などとして著作権・著作者人格侵害を認定、NHKなどに対し約40万円の支払いを命じた。

4月、NHKスペシャル『日本海軍400時間の証言』の中国でのロケに参加していた映像制作会社所属の男性が、現地での中国共産党関係者が開いた宴会で、中国流の「乾杯」で、アルコール度数の極めて高い酒を何度も飲まされて泥酔状態に陥り、翌日、吐瀉物を喉に詰まらせ死亡した。死亡男性の両親は、渋谷労働基準監督署に遺族補償一時金や葬儀代などの支払いを求めたが却下されたため、東京地裁に提訴。2014年3月18日に同地裁は「中国人参加者の気分を害しないようにするためには、大量の飲酒は断れなかった」として、労働災害に当たるとの判決を出した。

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